91.2025 Wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

1. Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu.2. Krótki opis przedmiotu zamówienia:Przedmiot zamówienia obejmuje:1) Wykonanie analizy molekularnej o rozdzielczości subkomórkowej na skrawkach tkanek FFPE, tkanki w postaci mikromacierzy tkankowych, brak konieczności optymalizacji próbek przed analizą.2) Analizę ludzkich tkanek nowotworu piersi z wykorzystaniem systemu do analizy opartego o dedykowane, wysoce specyficzne sondy i odczyt sygnału fluorescencyjnego.3) Wykonanie analizy dla minimum 20 skrawków, przeanalizowanie minimum 47cm2 tkanki.4) Dla każdej próbki analiza przynajmniej 280 genów ludzkich - gotowy panel sond zaprojektowany i przetestowany przez producenta.5) Możliwość dodania do 100 genów do analizowanej puli, w tym możliwość zaprojektowania sond do wykonania izoform, transgenów i translokacji.6) Analizę o rozdzielczości subkomórkowej, precyzja lokalizacji transkryptu w płaszczyźnie xy nie gorsza niż 30 nm, dla każdego wykrytego transkryptu muszą być podane współrzędne xyz.7) W celu precyzyjnego wykrycia komórek segmentacja oparta na minimum 3 lub 4 poziomowym systemie barwienia: jąder komórkowych i/lub białek błonowych i/lub cytoplazmatycznych i/lub 18S r RNA.8) Proces analizy nie może mieć niszczącego wpływu na analizowaną tkankę, aby po zakończeniu analizy była możliwość wykonania barwienia H&E lub immunofluorescencji dokładnie na tym samym, badanym skrawku.9) Wykorzystany do analizy system, na podstawie zebranych sygnałów fluorescencyjnych, musi automatycznie wykonywać analizę danych, to znaczy: segmentację i klastrowanie komórek, wykonywanie transkryptów i wizualizowanie ich lokalizacji na tkance, podawanie liczby wykrytych transkryptów. Przeanalizowane dane dostarczone w takiej formie, że nie jest konieczna zaawansowana analiza bioinformatyczna.10) Wyniki analizy/badania przygotowywane przez Wykonawcę w formacie nie wymagającym zakupy dodatkowego oprogramowania przez Zamawiającego. Producent systemu do analizy musi udostępniać darmowe, bez limitu licencji, oprogramowanie do wizualizacji, automatycznie przeanalizowanych wyników, które można pobrać bezpośrednio z jego strony internetowej. Oprogramowanie niewymagające dedykowanego komputera o dużej mocy obliczeniowej.11) Oprogramowanie do wizualizacji musi również umożliwiać pobranie zdjęcia po barwieniu H&E lub IF i nałożenie na zdjęcie wyników analizy molekularnej.12) Przekazywane przez Wykonawcę dane musza być w formacie otwartym, umożliwiającym ich wykorzystanie w innych, komercyjnie dostępnych, oprogramowaniach.13) skrojony i nałożony na slajdy materiał może być dostarczony jednorazowo lub etapami w zależności od wymagań wykonawcy, uzyskane wyniki wykonawca będzie dostarczać każdorazowo po zakończeniu partii badań wraz z odesłaniem slajdów ze skrawkami.14) Czas na wykonanie przedmiotu zamówienia maksymalnie do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań.3. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia, w tym warunki i zasady realizacji tego przedmiotu zamówienia, określa Wzór umowy (załącznik nr 3 do SWZ).