Sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną

Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną.Próbki będą wysłane jednorazowo (planowany termin wysłania próbek: październik-listopad 2025 r.).Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła około 54 próbek. Minimalne wymagane parametry usługi: przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie odczytów dwustronnych (sparowanych), długość insertu miedzy adapterami powinna być tak dobrana, aby umożliwić odczyt o długości 300 pz w każdą stronę; sekwencjonowanie genomowe w technologii Illumina, platforma MiSeq w trybie odczytów dwustronnych (pair-end), konfiguracja przebiegu sekwencjonowania 2x300bp; sekwencjonowanie z minimalnym pokryciem 70x podstawowa analiza bioinformatyczna (przycinanie odczytów, ocena jakości sekwencji, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych w formacie fastQ) ilość odczytów Q30 powyżej 75%Do Wykonawcy, w celu wykonania usługi, przesłane będą próbki w postaci materiału genetycznego (DNA bakterii): - Listeria monocytogenes (wielkość genomu ok. 2,9 Mb) – planowana liczba ok. 7 próbek - Salmonella spp. (wielkość genomu ok. 4,78 Mb) – planowana liczba ok. 2 próbek - Yersinia spp. (wielkość genomu ok. 4,6 Mb) - planowana liczba ok. 15 próbek - Staphylococcus aureus (wielkość genomu ok. 2,8 Mb)- planowana liczba ok. 30 próbek